Publications

Refereed journals and book chapters

Boc, A., Diallo, Alpha B. and Makarenkov, V. (2012), T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks, Nucleic Acids Research, to appear.

Lord, E., Leclercq M., Boc, A., Diallo, A. B. and Makarenkov, V. (2012), Armadillo 1.1: An original workflow platform for designing and conducting phylogenetic analysis and simulations, PLoS ONE, 7(1): e29903.

Boc, A. and Makarenkov, V. (2011), Towards an accurate identification of mosaic genes and partial horizontal gene transfers, Nucleic Acids Research, 39(21):e144.

Badescu, D., Boc. A., Diallo, A. B., and Makarenkov, V. (2011), Detecting genomic regions associated with a disease using variability functions and Adjusted Rand Index, BMC Bioinformatics, 12(Suppl 9):S9.

Boc, A., Philippe, H. and Makarenkov, V. (2010), Inferring and validating horizontal gene transfer events using bipartition dissimilarity, Systematic Biology, 59: 195-211.

Makarenkov, V., Boc, A., Xie, J., Pers-Neto P., Lapointe, F.-J. and Legendre, P. (2010). Weighted bootstrapping: a correction method for assessing the robustness of phylogenetic trees, BMC Evolutionary Biology, 10:250.

Refereed conference proceedings

Boc, A., Legendre, P. and Makarenkov, V. (2012). An efficient algorithm for the detection and classification of horizontal gene transfer events and identification of mosaic genes, Proceedings of IFCS 2011. Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization, Springer Verlag, to appear.

Szathmary, L., Valtchev, P., Napoli, A., Godin, R., Boc, A. and Makarenkov, V. (2011). Fast Mining of Iceberg Lattices: A Modular Approach Using Generators, Napoli, A. and Vychodil, V. eds, Proceedings of the 8th International Conference on Concept Lattices and their Applications, CLA 2011, Oct. 2011, Nancy, France, 16 pages.

Szathmary, L., Boc, A., Valtchev, P. and Makarenkov, V. (2011). Personal assets evolution: a new free of charge web server application for a real-time tracking of personal investments and net worth, Proceedings of the 2011 international conference on e-learning, e-business, enterprise information systems, and e-gouvernment, EEE-2011, July 2011, USA, 260-265.

Boc, A., Di Sciullo, A-M. et Makarenkov, V. (2010) Classification of the Indo-European languages using a phylogenetic network approach, in Classification as a Tool for Research, Locarek-Junge, H. and Weihs, C. eds, proceedings of IFCS 2009. Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization, Springer Berlin-Heidelberg-New York. 647-655 (Conférence internationale, travaux de doctorat).

Makarenkov, V., Boc, A., Diallo Alpha. B. et Diallo Abdoulaye B. (2008) Algorithms for detecting complete and partial horizontal gene transfers: Theory and practice, in Data Mining and Mathematical Programming, P.M. Pardalos and P. Hansen eds., CRM Proceedings and AMS Lecture Notes. 45: 159-179 (Conférence internationale, travaux de doctorat).

Makarenkov, V., Boc, A. et Diallo Alpha. B. (2007) La dissimilarité de bipartition et son utilisation pour détecter les transferts horizontaux de gènes, Actes des 14-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification, ENST de Paris, France. 90-93 (Conférence internationale, travaux de doctorat).

Nguyen, D., Boc, A., Diallo A. B. et Makarenkov, V. (2007) Etude de la classification des bactériophages, Actes des 14-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification. ENST de Paris, France. 161-164 (Conférence internationale, travaux de doctorat).

Makarenkov, V., Boc, A., Diallo, A.B., Delwiche, C. F. et Philippe, H. (2006) New efficient algorithm for modeling partial and complete gene transfer scenarios. Data Science and Classification, V. Batagelj, H.-H. Bock, A. Ferligoj, et A. Ziberna (Eds.), IFCS 2006, Series: Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization, Springer Verlag. 341-349 (Conférence internationale, travaux de doctorat).

Nguyen, D., Boc, A., et Makarenkov, V. (2005) HGT-Simulator: logiciel pour simuler des transferts horizontaux de gènes, Actes des 12-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification, Montréal. 215-219 (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Makarenkov, V. et A. Boc (2004) Deux modèles de détection de transferts horizontaux de gènes dans une classification d’espèces, Actes des 11-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification, Bordeaux, France. 4 pages (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Diallo, A.B., Makarenkov, V., Boc, A. et Lapointe, F.J. (2004). Une nouvelle méthode efficace pour l’estimation des données manquantes dans les séquences des nucléotides avant la reconstruction phylogénétique, Actes du colloque des 5-eme Journées Ouvertes de Bioinformatique et Mathématiques. Montréal, Canada. 8 pages (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Boc, A., Makarenkov, V. et Diallo A.B. (2004) Une nouvelle méthode pour la détection de transferts horizontaux de gene : la réconciliation topologique d’arbres de gène et d’espèces. Actes du colloque des 5eme Journées Ouvertes de Bioinformatique et Mathématiques. Montréal, Canada. 9 pages (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Makarenkov, V., Boc, A. et Diallo, A.B. (2004), Determining horizontal gene transfers in species classification: unique scenario, In Classification, Clustering, and Data Mining Applications, IFCS 2004, Springer Verlag, Chicago. 439-446 (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Boc, A., Diallo, A. B. and Makarenkov, V. (2003) : Comment détecter le transfert latéral de gènes dans la classification des espèces. Actes des 12-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification. Neuchâtel Switzerland. 75-78 (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Boc, A., Diallo, A. B. et Makarenkov, V. (2003) New algorithm for improving reticulated networks. Currents in Computational Molecular Biology, eds. Spang R., Béziat P., Vingron M., Poster, Research in Computational Molecular Biology, Berlin, Germany. 143-144 (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Boc, A. et Makarenkov, V. (2003) New Efficient Algorithm for Detection of Horizontal Gene Transfer Events, Lecture Notes in Bioinformatics, G. Benson and R. Page (Eds.), 3rd Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Springer. 190-201 (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Boc, A., Diallo A.B. et Makarenkov, V. (2003) Comment détecter le transfert latéral de gènes dans la classification des espèces, Méthode et Perspectives en Classification, Y. Dodge et G. Melfi (Eds.), 10-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification, Presses Academiques Neuchatel, pp. 75-78 (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Makarenkov, V. et Boc, A. (2002), La reconstruction des arbres phylogénétiques et réticulogrammes à l’aide du logiciel T-Rex, Actes des 9-ièmes Rencontres de la Société Francophone de Classification, Toulouse, France. 271-274 (Conférence internationale, travaux de maîtrise).

Lord, E., Leclercq, M., Boc, A., Diallo, A.B., Makarenkov, V. (2010) Armadillo, a workflow platform to automate phylogenetic tasks. RECOMB Comparative Genomics 2010. University of Ottawa, Ottawa, Canada

Boc, A., Makarenkov V. (2009). Inferring and validating horizontal gene transfer events using bipartition dissimilarity. Colloque Robert Cedergren (Conférence provinciale, travaux de doctorat).

Boc, A., Diallo, A.B., et Makarenkov v. (2006). T-Rex: web server for fast reconstruction of phylogenetic trees and networks. International Conference in Phylogenomics (Conférence internationale, travaux de doctorat).

Makarenkov, V et Boc, A. (2006), T-REX (Tree and Reticulogram Reconstruction) web server. Ce serveur est accessible à l’URL suivante : http://www.trex.uqam.ca .

Talks

Conférence IFCS (International Federation of the Mathematical Classification Societies), 30-02 septembre 2012, Goethe Universitat Frankfurt, Allemagne. Lecture: An efficient algorithm for the detection and classification of horizontal gene transfer events and identification of mosaic genes.

78-eme Congrès de l’association francophone pour le savoir (ACFAS), 10-14 mai 2010. Université de Montréal, Canada. Lecture : Une méthode efficace pour la détection des transferts horizontaux de gènes partiels.

Conférence IFCS (International Federation of the Mathematical Classification Societies), 13-18 mars 2009, Dresden University of Technologie, Allemagne. Lecture: Classification of the Indo-European languages using a phylogenetic network approach.

Conférence IFCS (International Federation of the Mathematical Classification Societies), 14-19 juillet 2004, Institute of Thechnology, Chicago. Lecture: Determining horizontal gene transfers in species classification: unique scenario.

3-eme Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 15-20 septembre 2003, Budapest, Hongrie. Lecture : New Efficient Algorithm for Detection of Horizontal Gene Transfer Events.

12-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification (SFC)-2003, Neuchâtel, Suisse. Lecture : Comment détecter le transfert latéral de gènes dans la classification des espèces.

11-emes Rencontres de la Société Francophone de Classification (SFC)-2002, Université Paul Sabatier, Toulouse, France. Lecture : La reconstruction des arbres phylogénétiques et réticulogrammes à l’aide du logiciel T-Rex.

Other talks

Séminaire du D.E.S.S. en bioinformatique, hiver 2009. Université du Québec à Montréal, Canada. Lecture : La détection des transferts latéraux de gènes : les méthodes et leur application en biolinguistique.

Séminaire du D.E.S.S. en bioinformatique, hiver 2007. Université du Québec à Montréal, Canada. Lecture: Detecting horizontal gene transfers using discrepancies in species and gene classifications.

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